Spatial Transcriptomics · Xenium · No-code

La segmentation
cellulaire Xenium,
en quelques clics.

SegmentStation encapsule Baysor dans une interface web no-code hébergée sur votre infrastructure dédiée. Vos biologistes analysent leurs données Xenium sans installer quoi que ce soit.

Demander une démo gratuite → Voir comment ça marche →
segstation — session active
# Avant SegmentStation
$ nextflow run xenium-segmentation \
  --input ./data --singularity \
  --baysor_params "..."
ERROR: command not found: nextflow
⚠ Julia runtime missing
→ Stack trace: 47 lignes...

# Avec SegmentStation
→ Dataset uploadé ✓ 2.3 GB
→ Paramètres configurés guidé
→ Lancement Baysor...
✓ Segmentation terminée — 14 832 cellules
✓ Export GeoJSON prêt
✓ Rapport qualité généré
🔒
Instance dédiée Vos données ne quittent jamais votre espace
~90%
des biologistes sans accès CLI
830 M$
Marché spatial omics 2030
< 5 min
Pour lancer une analyse
100%
Hébergement souverain France
Le problème

Xenium génère des données
révolutionnaires. L'analyse, non.

~90%

des biologistes utilisant Xenium n'ont pas accès à un bioinformaticien capable de faire tourner Baysor en ligne de commande — et utilisent donc la segmentation par défaut, sous-optimale.

  • ⏱
    Installation en journée entière
    Nextflow + Singularity + Julia + dépendances = une journée perdue avant le premier calcul. Et ça plante quand même.
  • 🚧
    Barrière CLI impossible à franchir
    Le biologiste veut analyser ses cellules, pas apprendre la ligne de commande. Ce n'est pas son métier.
  • 🎛
    Paramétrage opaque et critique
    min_molecules, scale, prior_confidence… Des choix qui déterminent la qualité de toute l'analyse, sans guide clair.
Comment ça marche

Trois étapes. Aucune ligne de code.

SegmentStation prend en charge toute la complexité technique. Vous restez concentré sur la biologie.

01
📂
Uploadez votre dataset

Déposez vos fichiers Xenium (transcripts.csv / .parquet) via l'interface drag & drop sécurisée. Transfert chiffré, stockage isolé dans votre instance.

02
⚙️
Configurez guidé

L'interface analyse votre dataset et propose des paramètres adaptés. Vous validez ou ajustez avec des explications contextuelles à chaque étape.

03
📊
Exportez vos résultats

Segmentation finalisée exportable en GeoJSON, CSV — compatible Xenium Explorer. Rapport de qualité automatique inclus.

Fonctionnalités

Conçu pour les biologistes,
sécurisé pour les institutions.

🏗
Instance dédiée par client

Votre infrastructure est la vôtre, point. Aucun autre utilisateur ne partage votre environnement. Isolation Docker complète, données jamais mutualisées.

Différenciateur clé
🇫🇷
Hébergement souverain français

Serveurs physiques hébergés en France. Aucun transfert vers des clouds tiers américains. Conformité RGPD facilitée pour vos études cliniques.

🧬
Baysor optimisé et validé

L'algorithme de segmentation le plus performant du marché, pré-configuré avec des paramètres optimisés sur des dizaines de datasets Xenium réels.

🗑
Suppression certifiée des données

Rapport de suppression horodaté et signé après chaque analyse. Politique de rétention configurable. Indispensable pour les données de recherche clinique.

Crédibilité scientifique

Développé avec des chercheurs,
validé sur des données réelles.

🔬
Baysor — algorithme de référence
SegmentStation utilise Baysor (Petukhov & Kharchenko, Nature Methods), l'algorithme de segmentation le plus cité pour les données de spatial transcriptomics.
🧪
Validé sur des datasets réels
L'outil a été testé et validé par plusieurs équipes de recherche sur des données Xenium réelles issues de différents types tissulaires.
📋
Propriété intellectuelle protégée
Interface et pipeline déposés à l'INPI (Enveloppe Soleau) et à l'APP. Savoir-faire de paramétrage documenté et protégé.

"La barrière en spatial transcriptomics n'est pas la biologie — c'est l'informatique. SegmentStation supprime cette barrière et nous permet d'analyser nos données Xenium le jour même de l'expérience."

Chercheur — Plateforme de génomique Utilisateur early access
Testé par des chercheurs
Hébergement France
RGPD compatible
Licence MIT (Baysor)
// Prochaine étape

Testons votre premier dataset Xenium ensemble.

Session de démonstration gratuite · 30 minutes · Sur vos données réelles. Aucune installation requise de votre côté.

Réponse sous 24h · Aucun engagement · Données de démonstration ou les vôtres